Ligadas a Portugal desde 1868, quando as Irmãs Franciscanas de Calais, começaram a receber as primeiras portuguesas que pretendiam ingressar na Congregação de Calais.
Estabeleceram em Portugal a sua primeira Comunidade de raiz, em 1876, na vila de Ílhavo, diocese de Aveiro, onde começou também a funcionar o Noviciado de Portugal.
Até 1910, a Congregação vai abrir 19 Comunidades, todas no Norte de Portugal, com exceção de uma em Setúbal, crescendo o número de Irmãs das primeiras 4 para 204 religiosas, quer de votos temporários, quer de votos simples. E é também neste período que o Noviciado de Ílhavo passa para o Porto, na Casa de Santo António das Águas Férreas, onde se mantém até 1910.
Com a implantação da República em Portugal (1910) e a extinção das ordens religiosas, as Irmãs foram obrigadas a vestirem-se como seculares(retirar o hábito religioso), regressando umas às suas famílias outras indo para França para os conventos da Congregação, contribuindo também para a abertura da primeira comunidade da Congregação na Argentina. Muitas irmãs, no entanto, permaneceram em Portugal com a cumplicidade da população, continuaram a desempenhar as funções assistenciais e de ensino que desenvolviam no Norte de Portugal. Mas o seu número, em 1915, reduzira-se para 56 religiosas, 46 em 1918. A intervenção de Portugal na Grande Guerra( 1914-1918), as aparições de Fátima em 1917, intensificando a Devoção mariana, o reatamento das relações de Portugal com a Santa Sé em 1918, criaram um novo clima de apaziguamento, permitindo o regresso a Portugal das Irmãs acolhidas em França.
Entre 1927-1945, o número de comunidades vai aumentar consideravelmente. Reabre o noviciado em Tuy, Espanha(1927), onde se mantém até 1936, quando é transferido para Santo Tirso.
As Irmãs partem para novas missões em Moçambique(1935) e no Brasil(1965).
Muito haveria para contar de tanta e tanta vida doada na Congregação ao longo dos anos, no entanto, passamos a factos mais recentes, com fundações e projetos de missão diferentes lendo os “sinais dos tempos.”
Em 1995, abriram uma comunidade em São Tomé e Príncipe, e em 1999, abriram uma comunidade em Viana de Luanda, Angola.
Ao longo dos anos têm existido uma maior abertura à colaboração de leigos, através da criação de grupos, como por exemplo, o Giofrater (1996, Juventude Franciscana Missionária de Nossa Senhora), Frater (2003, grupo de adultos) e Desperta(2005, grupo de formação de colaboradores), pautando a sua vida pelos princípios evangélicos e tendo como exemplo São Francisco de Assis.
Em 2007, abriram uma nova comunidade em Angola – Porto Amboim, e em 2014, abriram uma comunidade em TImor-Leste.
Bebendo a sua espiritualidade no Franciscanismo, estas Irmãs, em Portugal, “presença viva
da caridade cristã”, “apelo constante à comunhão fraterna no seio do Povo de Deus”, têm sabido manter o espírito de família, a proximidade, a alegria, a simplicidade e o espírito missionário.