Em outubro de 1887 a Misericórdia,  confiou o seu Hospital da Anunciada às Franciscanas de Calais, as quais aí estabeleceram uma comunidade sob a invocação do Menino Jesus. Pouco depois, estas religiosas passaram para o Hospital do Espírito Santo, que pertencia, igualmente, à Misericórdia. Em 1889, o Hospital foi transferido para o edifício do Convento de Jesus, onde as religiosas puderam encontrar, ainda vivas, as tradições franciscanas.

Em 31 de Maio de 1941,  uma comunidade de 6 Irmãs regressou ao Hospital da Misericórdia de Setúbal, onde tinham trabalhado desde 1887, até serem expulsas em 10 de Outubro de 1910, na turbulência da implantação da República. Assim se concretizava, três décadas passadas, o regresso das Franciscanas de Calais a Setúbal.

No início, a comunidade garantia não só a enfermagem, e a pastoral dos doentes, mas outros serviços hospitalares e domésticos, assim como a catequese paroquial.

A evolução histórica dos hospitais, levou as irmãs a residirem em casa própria, donde partem todos dias, para a ação Pastoral.