Os estigmas são as feridas de Jesus. São Francisco as recebeu no Monte Alverne. Os biógrafos dizem que ao aproximar-se da festa da Exaltação da Cruz, na noite entre 13 e 14 de setembro.   São Francisco as recebeu, mas não apenas os sinais da Paixão, pois, segundo os escritos das primeiras testemunhas, entre elas Frei Elias, que imediatamente após a morte de Francisco escreveu uma carta para também testemunhar este milagre dos Estigmas diz que: foram constatados marcas de pregos nas mãos e nos pés de São Francisco. Um dos biógrafos diz que elas tinham uma cabeça escura e que se via os pregos rebitados e assim como nas mãos e nos pés, São Francisco tinha a ferida também no lado direito que periodicamente sangrava.